Setelah lulus, Lim Keng Kie pulang ke Indonesia. Dia kemudian menjadi dosen di Universitas Trisakti. Belakangan Lim Keng Kie terjerat masalah karena dianggap terkait dengan Badan Permusyawaratan Kewarganegaraan Indonesia (Baperki), organisasi sayap PKI.