Keakraban itu pun terus terbangun hingga pada akhirnya kedua tokoh ini terjun di ranah politik dan menjadi pasangan Presiden-Wakil Presiden pada tahun 11 Maret 1998 sampai 21 Mei 1998.
Baca: ARTIS Cantik Ini Masih Betah Sendiri, 6 Tahun Menjanda:Kini Banting Tulang Kerja Malam hingga Pagi
Baca: Irjen Firli Bahuri Terpilih Pimpin KPK, Bambang Widjojanto Endus Bau Sangit Kolusi
Namun di ujung masa kepemimpinan Soeharto, BJ Habibie mendapati kenyataan pahit bahwa seniornya itu enggan menemui dirinya.
"Sangat saya sayangkan bahwa Pak Harto ketika itu tidak berkenan berbicara dengan saya," kata Habibie dalam buku Detik-detik yang Menentukan Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi, terbitan THC Mandiri.
Pada 20 Mei 1998, Soeharto hanya menugaskan Menteri Sekretaris Negara Saadilah Mursyid untuk menyampaikan keputusan, esok harinya, pukul 10.00, ia akan mundur sebagai presiden.
Baca: Ini Besaran Harga LPG 3 Kg di Beberapa Wilayah di Tanjab Timur, Mulai Rp 19 Ribu
Baca: The Champions Kompetisi Akuntansi dan Ekonomi Tingkat SMA dan SMK
Sesuai UUD 1945, Soeharto berniat menyerahkan kekuasaan dan tanggung jawab kepada Habibie sebagai Wakil Presiden RI, di Istana Merdeka.
"Saya sangat terkejut dan meminta agar segera dapat berbicara dengan Pak Harto. Permintaan tersebut tidak dapat dikabulkan. Ajudan Presiden Soeharto menyatakan akan diusahakan pertemuan empat mata dengan Pak Harto di Cendana besok pagi sebelum ke Istana Merdeka," ujar Habibie.
Keesokan harinya, Habibie bersiap meluncur ke Jl Cendana, berharap mendapatkan penjelasan dan jawaban mengenai mengapa semua ini terjadi.
"Saya mendapat berita Pak Harto ternyata belum bersedia menerima saya. Saya dipersilakan langsung saja berangkat ke Istana Merdeka. Protokol dan ADC (ajudan) Presiden berharap pertemuan empat mata dapat dilaksanakan di Istana Merdeka, " kenang BJ Habibie.
Namun setibanya di Istana Merdeka, BJ Habibie hanya diacuhkan oleh Soeharto. "Saya tercengang melihat Pak Harto, melewati saya terus melangkah ke ruang upacara dan 'melecehkan' keberadaan saya di depan semua yang hadir," tulis Habibie.
Dikutip dari Wartakota, dalam sebuah wawancara di layar kaca, yang videonya viral, terungkap alasan sebenarnya, Presiden Soeharto menolak pertemuannya dengan BJ Habibie.